Covid-19 – Revue de la Littérature Scientifique & Consignes pour le Personnel de Santé
Yanis AFIR &Nabil GUERBOUKHA
La crise du coronavirus a plongé le monde entier dans la confusion en prenant de vitesse les pays les plus avancés et les mieux préparés. Elle nous a démontré toute l’importance de posséder des structures scientifiques capables d’analyser rapidement les données et de réagir efficacement pour une exploitation optimale des ressources logistiques et techniques à disposition. Le temps de dépendance servile et aveugle par rapport aux résultats et aux conclusions d’autrui doit être révolu.
Dans le présent article nous tentons de présenter une vue d’ensemble, aussi récente que possible, de la littérature scientifique sur la pandémie du Covid-19. Cela dit, étant donné la célérité des changements qui s’opèrent dans le monde de la recherche, ce recueil d’informations est loin d’être exhaustif ou suffisant, il n’ambitionne ni de trancher les litiges ni de répondre aux controverses, il se veut simplement être une tentative d’apporter une humble contribution, en tentant de concentrer les informations les plus admises susceptibles de former un socle sur lequel reposeraient les approfondissements à venir.
Enfin, nous espérons atteindre l’objectif d’attirer l’attention du lecteur sur l’absolue nécessité de se tenir à la page par des lectures critiques et permanentes afin d’honorer notre métier et être à même de servir nos compatriotes.
Introduction
Les coronavirus sont d’importants pathogènes pour les vertébrés. Selon les espèces en cause, ils peuvent être responsables de diverses manifestations respiratoires, digestives, hépatiques ou nerveuses. Depuis les épidémies du SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) en 2002 et du MERS (Middle East Respiratory Syndrome) en 2012, la possibilité d’une transmission de ces virus à l’Homme est devenue indéniable.2
En décembre 2019, plusieurs cas de pneumonies d’étiologie inconnue ont été identifiés dans la ville de Wuhan, faisant partie de la province de Hubei en Chine. Initialement liés au marché des poissons et fruits de mer de Wuhan, où étaient commercialisés nombre d’animaux, la propagation est rapidement devenue incontrôlable.
L’agent causal a été identifié par le CDC chinois (Chinese Center for Disease Control and Prevention) le 7 Janvier 2020 comme étant une nouvelle souche de coronavirus qui fut nommée SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2),40 dont les principales caractéristiques virologiques sont énumérées ci-après.
L’épidémie s’est lourdement propagée dans la province de Hubei puis s’est étendue à toute la Chine, pour finir par toucher le monde entier. Le 11 mars 2020, l’OMS déclare l’épidémie de Covid-19 comme véritable pandémie.
On compte désormais plus de 3.055.000 cas dans le monde, avec plus de 211.000 morts, sur la totalité des continents hormis l’antartique. Les pays les plus touchés sont actuellement les Etats-Unis, l’Espagne et l’Italie, avec environ 1.004.000 cas, 229.000 cas et 199.000 cas respectivement. En Algérie, on dénombre 3.517 cas (données du mardi 27/04/2020). (Voir figure 1)
Modes de transmission
Principale voie de transmission :
Malgré l’attention des chercheurs du monde entier et les nombreuses études publiées, force est de constater que la transmission du coronavirus demeure incomplètement comprise. L’hypothèse actuellement retenue est que le virus est passé à l’Homme par le biais d’un hôte intermédiaire animal (nous reviendrons sur ce point dans la partie virologie ci-dessous), puis la transmission interhumaine a pris le relai pour devenir le principal mode de propagation du virus.
Le SARS-CoV-2 se transmet principalement à travers les gouttelettes respiratoires émanant d’un patient infecté lorsque celui-ci tousse, éternue ou parle ; celles-ci peuvent véhiculer le virus à une autre personne si elles sont en contact direct avec une muqueuse (buccale, nasale ou oculaire). L’infection peut aussi survenir par le biais des mains sales, au contact d’une surface contaminée, que le patient porte à ses yeux, son nez ou sa bouche. Il est admis que les gouttelettes de salives ne dépassent généralement pas une distance supérieure à 2 mètres1, 43 et ne demeurent pas indéfiniment suspendues dans l’air. Cependant, les avis divergent quant à la possible transmission aérienne du virus (c’est-à-dire sans nécessité de contact étroit entre les personnes) ; cette dernière ne peut être exclue avec certitude.1
Les patients atteints et symptomatiques sont la principale source d’infection. Néanmoins, il a été démontré que la charge virale était très élevée aux premiers stades de la maladie1, et donc, malgré quelques controverses, il semble que les patients pauci-symptomatiques, asymptomatiques ou en période d’incubation peuvent transmettre l’infection et sont, de ce fait, une source potentiellement importante de propagation de l’épidémie, dont l’estimation exacte est très difficile.1, 2, 5, 9
Le principal indice pour évaluer la transmissibilité d’un germe est le R0 (Basic Reproduction Number), celui du SARS-CoV-2 est estimé en moyenne entre 2 et 3, variant selon les pays et les mesures de protection.10, 41 Concrètement, cela veut dire que chaque patient atteint transmettra l’infection en moyenne à 2 ou 3 personnes.
Quant au Serial Interval, c’est-à-dire le délai moyen avant qu’une personne ne transmette l’infection à une autre personne, il a été estimé en Chine à 3,96 jours.50
Enfin, la transmission nosocomiale a indéniablement joué un rôle important dans la propagation effrénée de l’épidémie,5 sachant que le personnel soignant et les auxiliaires demeurent en première ligne, avec un risque d’exposition très élevé.
Autres voies de transmission ?
Avant d’entamer cette partie nous tenons à prévenir le lecteur de ne pas paniquer lorsque nous évoquerons d’autres hypothétiques voies de transmission du Covid-19 ; en effet, il faut savoir que n’importe quelle substance biologique ou surface externe sur laquelle le virus est isolé représente ipso facto une THÉORIQUE voie de transmission. Cela ne veut absolument pas dire qu’il a été prouvé que la transmission pouvait se faire de cette manière, et si c’est le cas, que celle-ci soit significative.
En ce qui concerne la viabilité du virus sur les surfaces externes, les études réalisées sur les différents coronavirus, notamment le SARS-CoV (responsable de l’épidémie de 2002 rappelons-le), ont montré que celui-ci pouvait persister environ 8 heures sur des gants chirurgicaux, 48 heures sur du métal et 4 à 5 jours sur le plastique ou le verre.16
Ils peuvent néanmoins être efficacement inactivés en moins d’une minute par la désinfection de surface avec de l’éthanol 62-71%, du peroxyde d’hydrogène à 0.1% ou de l’hypochlorite de sodium à 0.1%.
Les chiffres ne sont pas à prendre à la lettre car ils varient selon la température, les conditions environnementales et l’inoculum. De plus, ils ne permettent que d’estimer par extrapolation ce que pourrait être l’équivalent de ces données pour le SARS-CoV-2, responsable de l’épidémie actuelle.
Toutefois, ils semblent être corroborés par une étude publiée récemment22 qui a montré une stabilité comparable sur surface et en aérosol du SARS-CoV-2 par rapport au SARS-CoV.
Au sujet des substances biologiques, le virus a été fréquemment isolé au niveau sanguin et fécal et récemment au niveau du liquide cérébro-spinal (LCS).45
Pour ce qui est de la transmission oro-fécale, certaines séries de cas ont observé que les selles pouvaient rester positives malgré la négativation des prélèvements nasaux,36 suggérant que l’étude des selles pouvait être intéressante pour le diagnostic et le suivi des patients. Pour l’heure, d’autres études sont nécessaires pour éclaircir cette piste, et actuellement, la transmission oro-fécale n’est pas considérée comme un facteur significatif de la propagation de l’infection.1
Quant à la transmission sanguine, elle semble n’exister que théoriquement, et n’a pas été démontrée pour l’heure sur des patients. Même si initialement l’ECDC (European Center for Disease Prevention and Control) et l’AABB (American Association of Blood Banks) avaient recommandé de respecter un délai de 21 jours avant d’accepter des dons de patients avec notion de contage viral, et 28 jours post-guérison pour les cas confirmés, actuellement, et au vu de l’absence de preuves, de telles mesures ne sont pas préconisées par les organismes en charge.24
En outre, dans un cas rapporté récemment au Japon, le virus a été isolé au niveau du LCS chez un patient présentant une méningite alors que les prélèvements respiratoires étaient négatifs.45
Bien que certains patients puissent présenter une symptomatologie à type de conjonctivite, où le virus est isolé dans les sécrétions conjonctivales et les larmes, selon les données disponibles dans la littérature, il n’apparait pas que ce mode de transmission soit prépondérant quoique ne pouvant être totalement éliminé.18
Enfin, il ne semble pas non plus qu’il y ait une transmission verticale materno-fœtale, tandis que la transmission en péri-natal est possible, ce point est détaillé ci-dessous dans la partie ‘Cas particulier de la grossesse et de l’allaitement’.
Pourquoi le SARS-CoV-2 s’est-il propagé davantage que son cousin SARS-CoV ?
Le monde en général et la Chine en particulier sont bien plus préparés à faire face à une épidémie qu’ils ne l’étaient en 2002, lors de l’épidémie du SARS. En effet, lorsque l’épidémie de Covid-19 s’est déclarée en Chine, en moins de deux semaines le virus avait été isolé et les kits de diagnostic étaient déjà distribués au monde entier ; en moins d’un mois les premiers essais cliniques pour trouver un traitement étaient lancés et enfin la Chine disposait d’infrastructures hospitalières nettement supérieures à il y a 20 ans.
Malgré tout cela, l’épidémie du Covid-19 s’est propagée à un rythme effréné sans que l’on puisse la contrôler. Et aujourd’hui, la dangerosité du SARS, avec 8000 cas, paraît dérisoire comparée à celle du Covid-19, avec ses centaines de milliers de cas.
Pour expliquer cette disparité, plusieurs hypothèses ont été émises26 :
D’abord, concernant la ville de Wuhan, épicentre de l’épidémie, avec ses 11 millions d’habitants et son réseau de transport dense (parmi les plus grands aéroports et gares de Chine), il était très difficile de contenir l’infection. De plus, avant la construction de nouvelles infrastructures, les hôpitaux de la région étaient initialement surchargés, et nombre de patients ont dû être renvoyés chez eux, ce qui a nettement contribué à propager l’infection. Pire, la région a connu de larges rassemblements et d’importants mouvements de foules vers les autres régions du pays et en dehors du pays juste avant que le confinement ne soit décrété.
Un autre facteur mis en cause est le spectre clinique de la maladie. En effet, au départ, seuls les cas de pneumonie étaient pris en compte, ce n’est que plus tard que l’on s’est rendu compte que la plupart des cas avaient une symptomatologie bénigne, et avait été gravement négligés au début. En conséquence, un trop grand nombre de patients s’est retrouvé en dehors des hôpitaux, rendant quasi-impossible une enquête épidémiologique pour déterminer les sujets contacts.
Aussi, un autre élément pouvant expliquer la disparité serait le fait que la période maximale d’infectivité d’un patient pourrait se situer en début d’infection, alors que celui-ci est probablement encore pauci-symptomatique, voire asymptomatique ; une fois les mesures d’isolement appliquées, il se pourrait qu’il soit deja trop tard. À l’inverse, pour le SARS-CoV, la période d’infectivité maximale correspondait à la fin de l’infection, lorsque le patient était le plus souvent nettement symptomatique et où les mesures d’isolement pouvaient être bien plus efficaces.
Virologie
Le terme coronavirus vient du latin corona qui veut dire couronne. Ces virus ont été désignés de la sorte à cause de leur apparence en microscopie électronique sous forme de couronne avec des projections appelées Spikes. (Voir figure 2)
Les coronavirus appartiennent aux Coronavirinæ, de la famille des Coronaviridæ, de l’ordre des Nidovirales.
Ce sont des virus enveloppés, à ARN positif, monobrin et non segmenté, de diamètre allant de 60 à 140 nm. La taille de leur génome est de 26 à 32 kb, faisant d’eux les virus à ARN avec le plus grand génome.3, 9
Ils sont divisés génotypiquement et sérologiquement en 4 générations : α-CoV, β-CoV, γ-CoV et δ-CoV. Les α-CoV et β-CoV infectent essentiellement les mammifères, alors que les γ-CoV et δ-CoV infectent surtout les oiseaux.3
Auparavant, 6 coronavirus avaient été identifiés comme pathogènes pour l’Homme ; parmi eux 2 α-CoV (HCoV-229E et HCoV-NL63) et 2 β-CoV (HCoV-HKU1 et HCoV-OC43) étaient des pathogènes mineurs, causant des infections respiratoires bénignes. Les deux derniers coronavirus, qui sont des β-CoV, sont les deux précédemment cités : SARS-CoV et MERS-CoV, connus pour pouvoir causer des infections respiratoires sévères, potentiellement mortelles.2
Un nouveau coronavirus, nommé SARS-CoV-2, a été identifié comme responsable de l’épidémie Covid-19. Il s’agit d’un β-CoV très similaire au SARS ; ils ont en commun environ 79,5% du génome ainsi que le même récepteur pour la pénétration cellulaire : l’enzyme de conversion de l’angiotensine type 2 (ECA2).4
A noter que la parenté du SARS-CoV-2 est plus éloignée du MERS. En effet, ils ne partagent qu’environ 50% de leur génome22 et le MERS utilise un récepteur différent pour infecter les cellules : le CD26.5
Il semble que le SARS-CoV-2 dérive d’un coronavirus infectant les chauves-souris (BatCoV RaTG13) détecté dans les chauves-souris Rhinolophus affinis de la province de Yunnan en Chine. Cependant, la similarité génomique de 96,2% suggère que le virus est d’abord passé par un hôte intermédiaire animal avant d’être transmis à l’Homme. Des chercheurs de la South China Agricultural University ont trouvé des coronavirus infectant le pangolin malais (Manis javanica) avec une similarité génomique de 99% avec le SARS-CoV-2, faisant du pangolin un probable hôte intermédiaire, même si d’autres candidats ont également été retenus (tortues, serpents, etc.).27, 37
Une étude réalisée par Tang et al. a permis de distinguer deux sous-types de SARS-CoV-2, L et S, qui représentent respectivement 70% et 30% des cas en Chine.34 Cependant, il y aurait une plus grande proportion de cas liés à SARS-CoV-2 S dans les autres pays.1 Le sous-type S serait la forme originale ; d’après certains auteurs, il serait moins contagieux et moins agressif que le sous-type L, néanmoins les implications cliniques liées à ces sous-types sont encore incertaines, et les données sont encore insuffisantes pour trancher la question.
Le virus s’attache à la cellule via sa glycoprotéine S (Spike), qui a une affinité pour l’ECA2. Même si elles diffèrent de quelques acides aminés (4 principalement : 482-485 : Gly-Val-Glu-Gly), les protéines S du SARS et du SARS-CoV-2 sont suffisamment similaires pour expliquer leur tropisme commun,27 de surcroit le SARS-CoV-2 se lie à l’ECA2 avec une bien meilleure affinité (10-20 fois plus).4, 39
L’ECA2 est arborée en abondance par nombre de cellules, parmi les plus importantes les pneumocytes de type II (et à une moindre mesure les pneumocytes de type I), différentes cellules le long des voies aériennes ainsi que les lymphocytes ; ceci explique la fréquence des atteintes pulmonaires et des lymphopénies chez les patients (voir présentation clinique ci-dessous).4, 27, 43 L’enzyme peut également être observée au niveau de cellules cardiaques, hépatiques, rénales, spléniques ou le long du tube digestif.
Nous rappelons que l’ECA2 ne convertit pas l’angiotensine I en angiotensine II (comme son homologue enzyme de conversion de type 1) mais plutôt en angiotensine 1-7 qui a des effets vasodilatateurs, anti-inflammatoires, anti-oxidants et anti-apoptotiques, contrebalançant ainsi l’action de l’angiotensine II.43
La glycoprotéine S se compose de deux sous-unités : S1 et S2. La sous-unité S1, permet l’attachement à la cellule, elle détermine donc le tropisme cellulaire et la sélectivité d’espèce du virus grâce aux régions RBD (Receptor-Binding Domain).17, 30 Tandis que la sous-unité S2 est responsable de la fusion avec la membrane cellulaire. (Voir figure 3)
Lorsque la sous-unité S1 se lie à l’ECA2, il se produit un changement de conformation dans la glycoprotéine S, permettant l’intervention d’une enzyme : la sérine protéase transmembranaire type II (TMPRSS2), qui avec son activité protéolytique, permet la fusion de la sous-unité S2 avec la membrane cellulaire.43
Une fois la fusion accomplie, le matériel génomique ARN est libéré dans le cytoplasme. En utilisant les ribosomes cellulaires, ce dernier est traduit en protéines structurales et non-structurales. Parmi les protéines non-structurales, une ARN polymérase ARN-dépendante, se charge de répliquer le génome viral au sein d’une structure appelée Replication Transcription Complex (RTC).17
L’ARN viral nouvellement synthétisé est assemblé avec les protéines précédemment synthétisées pour former de nouveaux virions qui seront libérés.
Immunologie et physiopathologie
Lorsque le virus infecte une cellule puis commence à s’y multiplier, cette dernière finit par être détruite, d’abord par effet cytopathogénique direct du virus mais également du fait de la réponse inflammatoire.
En effet, les cellules infectées sécrètent des facteurs chimiotactiques et pro-inflammatoires qui activent les macrophages alvéolaires. Ceux-ci, sécrètent à leur tour des médiateurs inflammatoires, notamment IL1, IL6 et TNF-α. Localement d’abord, ces molécules induisent une vasodilatation et une perméabilité des vaisseaux pulmonaires. Il en résulte un passage du plasma dans l’espace interstitiel puis finalement un œdème alvéolaire. Ceci, en plus d’altérer les échanges gazeux, diminue la concentration locale du surfactant.
Rappelons aussi que les pneumocytes II, principale cible du virus, sont responsables de la sécrétion du surfactant et la destruction de ceux-ci diminue sa production. En conséquence, la tension superficielle à l’intérieur de l’alvéole est augmentée, pouvant provoquer un collapsus alvéolaire, entravant d’autant plus les échanges gazeux.
Aussi, les médiateurs inflammatoires précédemment cités, avec d’autres, agissent comme chimiotactiques, entrainant le recrutement massif de neutrophiles, qui libèrent des ROS (Reactive Oxygen Species) et des protéases pour détruire les virions. Evidemment, cette intense réaction est non spécifique et entraine également la destruction des cellules pulmonaires. Cette destruction tissulaire et l’accumulation de débris cellulaires aggravent encore l’altération des échanges gazeux.
La traduction clinique de tous ces phénomènes est le syndrome de détresse respiratoire aiguë.
Au niveau systémique, les médiateurs inflammatoires sont responsables de l’induction de la fièvre au niveau de l’hypothalamus (l’un des principaux signes cliniques).
Aussi, chez certaines personnes, la réaction inflammatoire initialement localisée au niveau pulmonaire commence à se propager, causant un syndrome de réponse inflammatoire systémique, qui induit une vasodilatation et une perméabilisation vasculaire générale avec pour conséquence une hypotension et une hypoperfusion d’organe ; in fine, un état de choc septique s’installe.
Certains auteurs ont pointé du doigt ce paradoxe du système immunitaire qui, s’il est trop faible au début de l’infection, ne peut s’opposer à la multiplication effrénée du virus ; en revanche s’il est trop activé par la suite, il est responsable de plus de dégâts que le virus lui-même, ce qui pose des dilemmes importants dans la stratégie thérapeutique.38
Présentation clinique
Période d’incubation :
La période d’incubation peut aller de 2 à 14 jours, avec la majorité des cas présentant des symptômes environ 4 à 5 jours après l’exposition.1
Manifestations cliniques :
La pneumonie semble être la plus fréquente des manifestations sérieuses de la maladie, elle est caractérisée par une symptomatologie respiratoire, le plus souvent fébrile, associée à des infiltrations bilatérales à l’imagerie pulmonaire.
Il n’existe aucun signe pathognomonique permettant de distinguer formellement l’infection à coronavirus des autres viroses respiratoires.1
Ces signes cliniques les plus fréquemment rapportés sont : fièvre (99%), asthénie (70%), toux sèche (59%).1
Les autres signes fréquents sont : anorexie (40%), myalgie (35%), dyspnée (31%),1 expectoration (27%), anosmie ou agueusie (nos excuses, nous n’avons pas trouvé de pourcentages pour ces dernières).41
D’autres signes moins fréquents ont été rapportés par les patients tels que : céphalées, pharyngite, rhinorrhée ou hémoptysie.4
Nous tenons à apporter quelques précisions sur la fièvre, dont la fréquence rapportée (99%) semble déconcertante. Il faut garder à l’esprit que tous les patients ne viendront pas avec un pic fébrile à 40°C, beaucoup viendront avec une fébricule (38-38.5°C), parfois imperceptible ; ceci est particulièrement vrai chez les enfants.9 De même la fièvre peut apparaître plus tardivement que les autres symptômes, et donc les patients consultant précocement peuvent être totalement apyrétiques. Aussi, on peut parfois observer une instabilité thermique avec des pics fébriles entrecoupés d’hypothermie.1 Enfin, il ne faut pas négliger l’influence des médicaments antipyrétiques, le plus souvent pris anarchiquement par les patients.1
Certains patients peuvent avoir une présentation totalement atypique. Par exemple, il est largement admis qu’un certain nombre de cas peut se présenter avec une symptomatologie gastro-intestinale (diarrhée ou vomissements), qui peut même prédominer sur les signes respiratoires, bien que ce cas ne soit pas le plus fréquent. De même, les patients Covid+ semblent sujets à des risques thrombo-emboliques pouvant être très sérieux.49
Aussi, certains rapports évoquent la possible présence de lésions dermatologiques polymorphes.44 Enfin, un premier cas de méningite a été rapporté au Japon,45 tandis qu’un cas de syndrome de Guillain-Barré possiblement lié au Covid-19 a été déclaré en Chine.48
N.B : les pourcentages cités ci-dessus le sont à titre illustratif pour avoir une idée des fréquences, il ne faut en aucun cas les prendre de manière rigoureuse car les données sont formelles sur la disparité de la présentation clinique en fonction des régions et des patients !
Définition des cas :
Selon les recommandations algériennes42 :
– Un cas suspect est défini comme : toute personne présentant des signes cliniques d’infection respiratoire aiguë basse quelle que soit sa gravité avec une fièvre ou une sensation de fièvre, sans autre étiologie identifiée pouvant expliquer pleinement la symptomatologie ; ET ayant voyagé ou séjourné dans une région dont la transmission est active dans les 14 jours précédant la date de début des signes cliniques.
OU toute personne présentant une infection respiratoire aiguë quelle que soit sa gravité, dans les 14 jours suivant l’une des expositions suivantes : un contact étroit avec un cas confirmé de Covid-19, pendant que ce dernier était symptomatique (c’est-à-dire une personne ayant partagé le même lieu de vie que le cas lorsque celui-ci présentait des symptômes) ; toute personne co-exposée, définie comme ayant été soumise aux mêmes risques d’exposition (c’est-à-dire un séjour/voyage dans une région dont la transmission est active) qu’un cas confirmé ; toute personne ayant travaillé ou ayant séjourné dans un service hospitalier dans lequel un cas d’infection Covid-19 a été confirmé.
– Un cas confirmé est défini comme : tout cas suspect avec un résultat virologique positif au Covid-19.
– Un cas exclu est défini comme : un cas déclaré initialement « cas suspect » et qui : après enquête, ne répond pas aux critères de définition d’un cas suspect ; a des résultats virologique négatifs au SARS-CoV-2.
Le diagnostic virologique se fait par la recherche du matériel génétique viral à l’aide de la PCR sur écouvillonnage naso-pharyngé selon des modalités dument réglementées par les recommandations nationales que nous vous invitons à consulter, vu l’impossibilité de détailler ce point dans ce papier déjà bien assez long.
Spectre de sévérité :
La sévérité de la symptomatologie varie grandement, allant des cas asymptomatiques aux cas les plus sévères de syndrome de détresse respiratoire aiguë ou de choc septique. Selon les recommandations algériennes, les cas sont classés de la sorte43 :
– Cas bénin : sujet jeune, en bon état général, sans comorbidités ni facteurs de risque associés, présentant un syndrome pseudo-grippal, répondant à la définition d’un cas suspect d’infection Covid-19.
– Cas modéré : sujet répondant à la définition d’un cas suspect d’infection Covid-19, âgé de plus 65 ans et plus, ou présentant des comorbidités ou des facteurs de risque associés.
– Cas sévère : sujet répondant à la définition d’un cas suspect d’infection Covid-19, et présentant un ou plusieurs signes de gravité, tels que :
• Des signes respiratoires : dyspnée, cyanose importante, tirage sus-sternal et intercostal, balancement thoraco-abdominal ; SpO2 < 90% sous oxygène nasal.
• Des signes cardiovasculaires : tachycardie ou bradycardie, hypotension ou hypertension artérielle, marbrures généralisées.
• Des signes neurologiques : confusion, agitation, somnolence, coma.
À noter que la symptomatologie peut évoluer et s’aggraver très rapidement, d’un cas léger à un cas sévère sans forcément passer par des stades de sévérité intermédiaire.5
Les complications les plus fréquentes sont le syndrome de détresse respiratoire aiguë, l’anémie, les lésions myocardique aiguës, les arythmies ainsi que les infections secondaires.4
D’autres complications ont également été rapportées telles que des degrés divers d’atteintes hépatiques ou d’atteintes testiculaires, des acidoses métaboliques, des troubles de la coagulation, voire des défaillances multi-viscérales dans un contexte de choc.5
A noter que les personnes âgées, passent plus rapidement au stade de complications que leurs homologues plus jeunes.17
Le délai de guérison semble être d’environ 2 semaines pour les infections légères et de 3 à 6 semaines pour les infections plus sévères.1
Facteurs de risque de complications :
La majorité des cas faisant une infection sévère est représentée par des patients ayant des comorbidités et des antécédents médicaux.
L’âge figure en première ligne et les personnes âgées de plus de 65 ans sont considérées comme à risque d’infection sévère. En effet, le taux de mortalité est particulièrement élevé pour cette tranche d’âge, pouvant atteindre jusqu’à 15% pour les sujets de plus de 80 ans.41
Toutefois, il faut garder à l’esprit que les sujets jeunes peuvent également faire des formes sévères. Il faut donc rester vigilant quel que soit l’âge du patient.
Les facteurs de risque cardiovasculaires, avec en première ligne l’hypertension artérielle, suivie du diabète, augmentent à la fois la probabilité de l’infection et sa sévérité ; ils doublent le risque de mortalité lié au Covid-19,8 sans que l’on comprenne réellement pourquoi.
Enfin, toutes les personnes présentant une pathologie chronique (respiratoire, rénale, néoplasique, etc.) qui risquent de décompenser sont considérées comme sujets à risque.
Mortalité :
La mortalité globale a été estimée à 2.3%, bien que ce chiffre soit caduque car de grandes différences existent entre les performances du système sanitaire de chaque pays et entre les différentes tranches de la population.
Le problème des cas asymptomatiques :
La fréquence des cas asymptomatiques reste encore inconnue et très difficile à objectiver. Des estimations ont été réalisées à partir des données du Diamond Princess, un bateau de croisière dont les passagers ont été entièrement isolés et testés. Sur les 619 patients positifs, la moitié étaient asymptomatiques ! (Ces données sont tributaires de la dernière date de notre consultation de la référence, nous ignorons l’évolution des cas à ce jour).35 Ces chiffres doivent toutefois être interprétés avec prudence.
Il est intéressant de noter que les patients asymptomatiques peuvent très bien présenter des atteintes objectives. Par exemple, sur une autre série de cas, 50% des patients asymptomatiques avaient des images compatibles avec le coronavirus à la TDM et 20% avaient des images atypiques.1
Éléments paracliniques
Biologie :
La NFS est variable, on retrouve souvent une leucopénie avec lymphopénie, parfois on peut observer une leucocytose.1 Une thrombopénie est également fréquemment retrouvée.41
On note fréquemment une CRP positive et une VS accélérée, avec un taux de procalcitonine le plus souvent normal.5
Une élévation de la LDH et de la ferritine, voire une élévation des enzymes hépatiques ont été rapportées,1 de même qu’un allongement du temps de Quick.5
Des signes de myocardite peuvent être retrouvés chez les patients avec un taux de troponines élevé.4
On retrouve dans la littérature quelques facteurs aidant à prédire le risque de complications et de mortalité. Ainsi, un taux de D-dimères élevé et la sévérité de la lymphopénie ont été associés à un risque de mortalité plus grand.
De même, chez les patients admis en réanimation, il a été observé une nette élévation de certaines cytokines (IL2, IL7, IL10, GSCF, IP10, MCP1, MIP1A et TNFα) par rapport aux autres patients, renforçant l’incrimination de « l’orage cytokinique » dans la physiopathologie des cas les plus sévères.
Imagerie :
La radiographie standard peut retrouver une image en verre dépoli, mais la sensibilité de celle-ci est très faible. Elle demeure une option en l’absence d’accès au scanner.
La TDM retrouve principalement l’image d’opacités en verre dépoli (qui correspond à l’œdème alvéolaire), et dans les cas plus sévères des foyers de condensations pulmonaires (qui correspondent aux alvéoles complètement inondées). Aussi, on peut retrouver une image de « Crazy Paving Pattern » (qui correspond à un œdème interstitiel).
Ces signes peuvent être retrouvés séparément ou en association, l’image en verre dépoli étant généralement la première à apparaître. Les signes ont tendance à être bilatéraux, avec une distribution périphérique et une prédominance pour les lobes inférieurs.1 (Voir figure 4)
Bien que peu fréquentes, d’autres anomalies peuvent être cependant retrouvées comme un épanchement pleural ou des adénopathies médiastinales.
Selon les études chinoises, la sensibilité de la TDM est de 97% en utilisant la PCR comme référence, la spécificité par contre n’était que de 25%.1
Dans une petite série de cas, il a été déterminé que les images scannographiques étaient le mieux visualisées environ 10 jours après le début de la maladie. Cependant, les images peuvent être très précoces, avant même l’apparition des symptômes et avant la positivation de la PCR.
Cas particulier des enfants
Tous les individus peuvent être touchés par le SARS-CoV-2, quel que soit leur âge, même si la majorité des patients ont entre 30 et 80 ans.1 Toutefois, il semble que les enfants soient moins touchés et ont tendance à faire des formes légères.9
Une étude menée en Chine sur plus de 2000 enfants Covid-19 a montré une fréquence d’infections sévères de l’ordre de 6% (vs 18% chez l’adulte), avec un seul décès.41 Cependant, les enfants en bas âge seraient plus vulnérables que les enfants plus âgés.
Cas particuliers de la grossesse et de l’allaitement
Les données dans la littérature sont conflictuelles concernant les femmes enceintes Covid+. Selon certaines données limitées, la présentation clinique chez la femme enceinte est globalement similaire à celle d’une personne ordinaire.22 Néanmoins, certains auteurs pointent du doigt un risque de mortalité plus important.7
Aussi, toutes les conséquences habituelles des infections sur la grossesse peuvent survenir en cas de Covid-19 (même si celui-ci est bénin pour la mère), d’autant plus que l’hypoxémie maternelle peut être importante dans ce cas. Dans les séries, beaucoup des enfants sont nés prématurés (près de la moitié selon certains rapports7).
La prise en charge des patientes doit être rigoureuse, on retrouve dans la littérature quelques impératifs à respecter tels qu’un traitement symptomatique plus agressif, un dépistage acharné des surinfections et co-infections, une prudence quant à la surcharge volémique en cas de remplissage vasculaire ainsi qu’un monitoring continu des contractions utérines et de l’état fœtal. Évidemment, tout ceci est à prendre avec une grande précaution et doit de toute façon être décidé au cas par cas de manière collégiale et pluridisciplinaire.
Il est important de planifier la grossesse avec l’équipe de gynécologie-obstétrique en octroyant une salle isolée, avec un équipement réservé à la malade.
Concernant la transmission verticale trans-placentaire, elle n’a pas été démontrée à ce jour. Cependant, la transmission péri-natale est possible et il est prudent de considérer tout nouveau-né issu d’une mère Covid+ comme potentiellement infecté, et ainsi de l’isoler de sa mère et des autres nouveau-nés.
Les signes cliniques chez le nouveau-né étant non spécifiques, il doit bénéficier d’une surveillance étroite des constantes vitales, des signes respiratoires et des signes digestifs durant au moins les 14 jours suivant l’accouchement.
Le traitement chez ces nouveau-nés symptomatiques consiste essentiellement en des mesures de réanimation et de soutien appropriées ainsi qu’un dépistage acharné des complications viscérales et métaboliques. Dans tous les cas, une approche multidisciplinaire et collégiale est requise. Plus de détails sur la prise en charge, la surveillance et les critères de guérison des nouveau-nés sont disponibles dans les recommandations chinoises que nous vous invitons à consulter.23
Enfin, un mot sur la transmission à travers le lait maternel. Celle-ci n’a pas été démontrée, et les maigres données d’une petite étude suggèrent que celle-ci n’est pas possible.22 D’après la littérature, il serait judicieux d’encourager les femmes à allaiter leurs enfants dès qu’elles sont guéries et jugées non contagieuses.22, 23
Quelle attitude pour le personnel soignant ?
Nous exposerons dans cette partie quelques conseils de bonnes pratiques pour le personnel soignant, tirées des recommandations nationales et internationales, afin d’éviter la propagation de l’infection au sein des structures sanitaires. Nous tenons à nous excuser auprès de nos chers lecteurs, car nous n’allons pas aborder ici la prise en charge des patients, ni discuter les différentes thérapeutiques en cours d’évaluation.
En effet, notre humble initiative a pour ambition d’essayer d’offrir au lecteur une revue de la littérature médicale résumant les principaux points concernant l’épidémie, de manière fiable et actualisée, nous ne pouvons absolument pas nous octroyer le droit de trancher des questions encore débattues par les experts du monde entier.51 En outre, nous croyons fermement qu’en ce temps de crise sanitaire, il est primordial d’avoir la tête froide et d’observer la rigueur qu’exigent de nous nos compatriotes.
Ceci dit, revenons à notre sujet. Selon les recommandations nationales (Plan de Préparation et de Riposte à la Menace de l’Infection Coronavirus Covid-19),42 les mesures de lutte contre l’infection par le Covid-19 s’articulent autour de plusieurs axes : des mesures de protection individuelle, qui concernent le patient, son entourage et l’équipe soignante ; des mesures de protection environnementale ; et une gestion appropriée des déchets. Nous nous concentrerons sur les deux premiers points.
Mesures de protection pour le patient :
Les mesures varient selon le type de structure dans laquelle se trouve le patient.
– Lors de la suspicion du cas (cabinet privé, centre de santé, hôpital, etc.), il est recommandé, après friction des mains avec une solution hydro-alcoolique, de remettre au patient un masque chirurgical pour le revêtir et l’informer des mesures d’hygiène et de sécurité devant être respectées. Ensuite, il faut procéder à un isolement du patient en attendant le transfert sécurisé.
– Une fois le patient hospitalisé dans une structure adéquate, il faut entreprendre les mesures suivantes :
• Isolement strict en chambre dédiée spécialement à cet effet. Dans le cas où cet isolement privatif n’est pas possible, les autres patients présents dans le service doivent être éloignés des cas Covid-19.
• Le nombre de professionnels de santé ayant accès à la chambre d’isolement doit être réduit au minimum nécessaire pour les soins. Les tâches doivent être exécutées par le plus petit nombre de professionnels de santé possible.
• Limiter les visites dans la chambre du patient et faire porter un masque chirurgical aux visiteurs et au patient durant l’entrevue.
• Port de masque chirurgical en présence d’une tierce personne (personnel soignant, etc.).
• Utiliser un équipement dédié au patient (stéthoscopes, thermomètres, etc.) ou, à défaut, le désinfecter entre deux patients ou deux utilisations.
• Privilégier chaque fois que cela est possible le matériel à usage unique.
Mesures de protection pour l’entourage du patient suspect ou confirmé :
Dès le début des symptômes, il est recommandé que le malade soit isolé dans une pièce en limitant tout contact avec son entourage. Pour ce dernier, des mesures d’hygiène sont préconisées selon les modalités suivantes :
– Eviter toutes les visites inutiles dans la chambre du malade et au sein de sa famille.
– Aération régulière de la pièce : ouverture des fenêtres toutes les 3 heures.
– Hygiène rigoureuse des mains après chaque contact avec le sujet ou avec le matériel utilisé par le malade : lavage des mains au savon liquide ou à l’aide d’une solution hydro-alcoolique.
– Respecter les règles d’hygiène de base concernant la protection des voies respiratoires :
• Se couvrir la bouche chaque fois que l’on tousse.
• Se couvrir le nez chaque fois que l’on éternue.
• Se moucher avec des mouchoirs en papier à usage unique, jetés dans une poubelle recouverte d’un couvercle.
• Ne cracher que dans un mouchoir en papier à usage unique jeté dans une poubelle recouverte d’un couvercle.
• Nettoyage des objets courants du sujet tels que les serviettes, couverts, linges, etc. par un lavage au savon et à l’eau chaude.
• Après chaque geste, se laver les mains et les désinfecter avec une solution hydro-alcoolique.
• Jeter les déchets ménagers tels que les mouchoirs en papier et les masques chirurgicaux dans un sac en plastique hermétiquement fermé.
Mesures de protection pour les soignants :
Étant en permanence en contact avec des patients suspects ou à risque de contracter le Covid-19, le personnel soignant est en première ligne dans cette bataille cruciale face au virus et demeure le plus exposé au danger. Pourtant des mesures de protection simples et reproductibles, à condition d’en avoir les moyens, peuvent grandement diminuer le risque de contamination. En réalité, ces mesures demeurent virtuellement le seul moyen de prévenir l’infection tout en continuant à prendre soin des patients.
– Lors de l’interrogatoire, le port d’un masque chirurgical est suffisant si l’on se tient à distance du malade (> 1.5 mètres).
– Pour un examen médical d’un patient suspect ou confirmé Covid-19, le port de l’EPI (Equipement de Protection Individuelle), est primordial, celui-ci comporte notamment un masque de type FFP2, une charlotte, une blouse et une surblouse à manches longues, des lunettes de protection et des gants.
Selon le CDC (Center for Disease Controle and prevention), les gants propres utilisés d’ordinaire sont suffisants pour l’examen et l’administration des soins aux patients. Aussi, et toujours selon le CDC, il n’est pas nécessaire de doubler les gants.46
– Une attention particulière doit être portée aux situations susceptibles de générer des aérosols de particules (Aerosol Generating Procedures – AGP), présentant un haut risque de contamination et incitant à redoubler de vigilance. Parmi ces procédures, celles-ci sont énumérées dans les recommandations nationales :
• L’intubation et extubation et les procédures qui leurs sont liées (ventilation, aspiration, etc.)
• La ventilation mécanique avec circuit expiratoire « ouvert ».
• La ventilation mécanique non invasive.
• L’aspiration endotrachéale.
• La fibroscopie bronchique.
• La kinésithérapie respiratoire.
• L’aérosolthérapie.
• Le prélèvement nasal ou naso-pharyngé
• L’autopsie.
Nous avons retrouvé d’autres procédures dans la littérature telles que la trachéotomie ou la trachéostomie, la réanimation cardiopulmonaire, toutes les procédures des voies aériennes supérieures qui requièrent une aspiration, la fibroscopie œso-gastro-duodénale si aspiration des voies aériennes supérieures, ainsi que certaines procédures dentaires (ex : fraisage), suggérant que la liste citée dans les recommandations est certainement non exhaustive.
Mesures en relation avec l’environnement du patient :
Il est nécessaire d’insister sur les mesures d’hygiène standards et de les renforcer. Aussi, les recommandations suivantes doivent être observées :
– Nettoyer les surfaces contaminées à l’aide d’un produit détergent désinfectant ou à défaut avec un détergent, type liquide vaisselle, puis rincer avec de l’eau ; en dernier désinfecter avec de l’eau de Javel à 12°C (diluer 30 ml pour 1 litre d’eau).
– Réaliser un bio-nettoyage quotidien de la chambre.
– Désinfecter le petit matériel dédié au patient : stéthoscope, thermomètre, etc.
– Désinfecter immédiatement en cas de souillure de surface.
– Utiliser de préférence du linge et de la vaisselle à usage unique pour le patient.
– Renforcer la gestion des DASRI (Déchets d’Activités de Soins à Risque Infectieux) selon les modalités adéquates.
Les procédures de nettoyage sont abondamment décrites et commentées dans le document du plan national de riposte à l’infection Covid-19. Il serait bien fastidieux de retranscrire tous ces détails, aussi nous invitons le lecteur à aller les consulter directement à partir du document ministériel.42
Perspectives :
Nous avons retrouvé dans la littérature nombre de textes qui mettent en exergue les attitudes à adopter pour aider à contenir et à endiguer l’épidémie au sein des structures sanitaires.
Bien que certaines de ces mesures soient difficilement applicables dans notre pays, il est tout de même important de souligner que beaucoup sont d’ores et déjà appliquées dans nos hôpitaux. Par exemple, le fait que les principales structures sanitaires arrêtent toutes les activités non urgentes pour se consacrer quasi-exclusivement à la lutte contre le virus ; le tri des patients à l’aide d’un questionnaire standardisé (voir la circulaire ministérielle) ; ou encore la séparation des circuits dédiés aux patients suspectés de coronavirus de ceux dédiés aux autres patients.
Nous rapportons quelques mesures simples employées dans un hôpital de Singapour12 qui pourraient bien renforcer les dispositions locales :
– Une prise de température pour le personnel de l’hôpital 2 fois par jour.
– Privilégier l’utilisation des réseaux sociaux et des appels téléphoniques pour les contacts entre médecins, la sollicitation des avis spécialisés et la discussion des cas, cela pour limiter le contact inutile entre le personnel soignant et éviter la propagation nosocomiale du virus.
– Eviter de laisser trainer des équipements et médicaments inutiles dans les salles à risque de contamination pour ne laisser que les équipements nécessaires ; en effet, cela réduit la nécessité de désinfecter ces équipements pour rien.
– Protéger les équipements électroniques, les appareils de monitoring, les échographes, etc. avec du plastique pour faciliter la désinfection.
– Pour le personnel obligé de rester longtemps à l’hôpital, il est nécessaire de fournir un lieu de repos décent, idéalement avec de quoi lire ou se divertir. Le risque de burnout est éminemment élevé en ces temps de stress extrême, où le soignant en plus de devoir s’occuper des patients, doit affronter la phobie de contracter la maladie et de contaminer ses proches (cf Bordja M.A. الاحتراق الوظيفي Burnout. Medpress. 2020;4.).
Nous rapportons également quelques conseils tirés de recommandations canadiennes pour optimiser la prise en charge en réanimation et éviter au maximum le risque de contamination du personnel10 :
– Les patients doivent être placés en isolement respiratoire dans des salles dotées de pression négative ; il est nécessaire de réaménager les différentes salles d’isolement pour qu’elles soient conformes. Si ces mesures s’avèrent inapplicables dans nos structures de soin, certains protocoles recommandent à défaut de laisser tout simplement la fenêtre ouverte.
– Des camisoles jetables, des masques FFP2, des lunettes de protection et des gants doivent être constamment portés par le personnel soignant et constamment renouvelés. Aussi, contrairement aux recommandations du CDC, ces auteurs considèrent utile le port d’une double paire de gants pour changer régulièrement la paire externe lorsque contaminée. Il ne semble pas y avoir de preuve d’un quelconque bénéfice de port de masques plus sophistiqués que le FFP2 en milieu de réanimation, et ce dernier demeure le masque recommandé.
– Il faut prêter une attention particulière aux bottes de protection des chaussures, il existe un risque important de contamination lorsqu’on retire celles-ci. Il faut le faire avec soin, avant d’enlever les gants. Les chaussures portées doivent être imperméables aux liquides et susceptibles d’être décontaminées.
– L’hygiène des mains est évidemment éminemment importante. On doit se laver les mains à chaque fois que l’on retire les gants et avant et après tout contact avec du matériel ou une personne.
– Il serait utile pour les patients bénéficiant d’une oxygénothérapie via des lunettes nasales ou un masque, de porter un masque chirurgical par-dessus, pour limiter la propagation des gouttelettes contenant le virus.
– Certains auteurs recommandent d’éviter de s’attarder avec les techniques de ventilation non invasive telles que la CPAP, en privilégiant une intubation précoce, d’une part pour minimiser le risque de propagation des gouttelettes et d’autre part pour ne pas rater l’occasion d’intuber précocement un patient dont l’état peut évoluer très rapidement par la suite. Cependant, cette attitude n’est pas unanime et d’autres auteurs préfèrent retarder l’intubation au maximum. Nous nous contentons d’indiquer simplement les deux avis, il convient aux réanimateurs qui se battent sur le terrain de trancher cette question qui nous dépasse.
– L’intubation devra être réalisée idéalement par le praticien le plus expérimenté en la matière et dans les conditions les plus optimales possibles pour maximiser les chances de réussite au premier coup et éviter de devoir multiplier les tentatives.
– Les anesthésiques intraveineux seront préférés aux gaz anesthésiques, encore une fois afin de minimiser les risques de transmission de l’infection mais également étant donné que les patients devront rester intubés pendant une longue période.
Nous terminons cette partie, en espérant ne pas avoir trop ennuyé nos lecteurs, avec un mot sur la gestion du matériel de protection. Le CDC a établi une stratégie adaptée à la disponibilité du matériel. Lorsque celui-ci est disponible en abondance, l’idéal serait d’en procurer à tout le personnel et d’observer les mêmes mesures d’hygiène et de protection dans toutes les salles de la structure. Néanmoins, à mesure que la disponibilité s’amenuise, le champ d’application des mesures de protection devra rétrécir pour n’inclure progressivement que les personnes les plus exposées. In fine dans les cas les plus extrêmes, le CDC conseille de réserver le matériel qu’au personnel le plus en contact avec les malades et de laver et réutiliser le matériel normalement jetable, voire d’utiliser un matériel ayant dépassé sa date d’expiration !
Aussi, le CDC propose un calculateur permettant d’anticiper la demande et les besoins des structures : Personal Protective Equipment Burn Rate Calculator (voir lien dans les références).47
Le personnel soignant en état de grossesse :
Selon le CDC, et compte tenu du peu de données dont nous disposons, il n’est pas aisé de formuler des recommandations quant à l’attitude à adopter pour le personnel soignant en état de grossesse, il serait toutefois judicieux de limiter l’exposition de ce personnel au virus, surtout aux procédures à risque.
Pour les chirurgiens-dentistes :
Nous avons trouvé un document tout à fait complet décrivant succinctement les attitudes adéquates pour éviter de contracter l’infection en cabinet de chirurgien-dentiste, particulièrement à risque de contamination. Nous invitons les lecteurs à consulter le document en question dans la référence.27
Conclusion
Au terme de ce long document, qui a nécessité une documentation conséquente, nous arrivons à une conclusion non moins conséquente qui est celle de notre ignorance. Peu de certitudes se dégagent de cette pandémie si ce n’est la nécessité impérieuse de la prévention. La prévention individuelle de tout un chacun mais aussi collective ou institutionnelle à travers l’établissement d’organismes scientifiques capables de s’adapter rapidement et efficacement à ce genre de crises sanitaires.
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