Introduction à la Littérature Scientifique

Yanis AFIR

Nazih Mohamed Zakari KOUIDRAT

Le présent article ne se veut ni un mode d’emploi ni une description exhaustive de la littérature scientifique. Il s’agit d’une simple discussion familière avec le lecteur à travers laquelle nous exposons un bref aperçu de quelques concepts sur lesquels se base la médecine moderne, dans l’optique d’introduire des outils à même de servir l’étudiant durant son parcours, et avec l’ambition de cultiver en lui la curiosité nécessaire pour s’élever de l’étudiant au scientifique et du médecin au chercheur.

Des Lettres aux Journaux, Naissance de la Littérature Scientifique Moderne

Depuis la naissance des sciences, les savants ont éprouvé la nécessité de discuter de leurs travaux et de partager leurs trouvailles avec leurs collèges. Cependant, les outils de communication d’autrefois, qui se limitaient à des discussions épistolaires et de rares manuscrits à diffusion réduite, ont contribué à ralentir le bouillonnement intellectuel des érudits.

Il fallut attendre l’imprimante de Gutenberg pour décongestionner le flux des idées, en Europe du moins. À mesure que l’impression et la diffusion des documents devenaient de plus en plus faciles, les publications scientifiques croissaient de manière exponentielle.

Peu à peu, et dans un souci de mise en ordre de cet afflux massif d’informations, les institutions savantes ont commencé à les communiquer dans des journaux périodiques, dédiés spécialement à cela. Bien que les premiers journaux diffusant un contenu scientifique fussent publiés par l’Église en Italie ; on considère généralement le journal français Journal des Sçavans (1665) comme le précurseur de la littérature scientifique moderne (on vous laisse deviner pourquoi). Néanmoins, ce n’est qu’avec la première revue périodique de la Royal Society de Londres, nommée Philosophical Transactions, sous la direction de Henry Oldenburg, que la littérature scientifique a réussi à élever le niveau d’un cran. Bien que le latin demeurât majoritairement utilisé, Oldenburg fit traduire les textes du Français, de l’Allemand ou de l’Italien vers l’Anglais, décision qui ne sera pas sans importance, vous vous en doutez bien !

Initialement, les articles publiés dans les revues étaient de vagues descriptions d’expériences réalisées en laboratoire. Or, le seul moyen pour la communauté scientifique d’évaluer les résultats et de distinguer les vraies informations des spéculations stériles était de reproduire les expériences. Alors les articles durent s’adapter et fournir des descriptions détaillées des protocoles expérimentaux ; c’est ainsi que la section Materials and Methods, aujourd’hui incontournable dans toute publication scientifique, vit le jour.

En bons diplomates, les scientifiques n’essayaient pas seulement de convaincre leurs confrères à travers leurs résultats mais également à travers un langage rhétorique et argumentatif soutenu. C’est ainsi que la section Discussion naquit dans les articles.

Toujours dans un souci de rigueur et d’exactitude (ou de censure et d’hégémonie), le Peer-review process fut établi dans le but de corriger les articles en amont de leur publication.

Enfin, en vue d’indiquer au lecteur la thématique principale du sujet étudié et de lui éviter par conséquent de feuilleter de nombreuses pages d’un sujet qu’il n’a pas sollicité, les éditeurs commencèrent à exiger aux auteurs de rédiger des conclusions qui synthétisent leur point de vue en quelques lignes ainsi que des résumés des articles, les Abstracts.

C’est ainsi que ces formats standards de publication s’intégrèrent définitivement dans les habitudes des éditions et perdurèrent jusqu’aujourd’hui, connus sous le célèbre acronyme d’IMRaD (Introduction, Materials/Methods, Results and Discussion).

Aujourd’hui, ce qui est communément appelé « Littérature scientifique » comprend essentiellement les livres, les articles scientifiques et les présentations orales (conférences et congrès scientifiques). Notre attention se portera sur les articles car ils représentent l’écrasante majorité des données scientifiques transmises ; les livres scientifiques étant le plus souvent rédigés à partir de ces mêmes articles et ne sont, in fine, que de maigres résumés de ceux-ci. De même, les conférences ne sont le plus souvent que des reproductions et simplifications orales de ce qui est écrit dans les articles. Connaitre donc l’univers des journaux scientifiques est plus que primordial pour n’importe quel étudiant en sciences médicales.

Les Journaux Scientifiques

Plus une science se développe, plus ses acteurs tendent à se spécialiser dans une branche de celle-ci, voire des sous-branches. La médecine, loin d’échapper à cette règle, en est même un des représentants les plus édifiants.

Il n’est donc pas surprenant que la littérature scientifique ait suivi cette évolution, et des dizaines, voire des centaines de revues vissent le jour, chacune abordant une spécialisation, une sous-spécialisation, ou parfois même un seul concept ou une seule pathologie.

En 2020, 12,171 journaux ont été recensés, toutes spécialités confondues. Les revues biomédicales dominent largement le champ des publications.

Nous nous permettons d’énumérer quelques-uns des plus grands journaux à l’échelle mondiale : New England Journal of Medicine (NEJM), Journal of the American Medical Association (JAMA), The Lancet, British Medical Journal (BMJ), Nature reviews, Science reviews, etc. Nous vous encourageons à aller visiter leurs sites respectifs pour vous familiariser avec les articles qui y sont publiés.

Au niveau national, il existe une base de données regroupant les journaux scientifiques algériens : The Algerian Scientific Journal Platform, accessible via le lien suivant : https://www.asjp.cerist.dz/asjp.

Différents types d’articles peuvent être retrouvés dans les journaux scientifiques. À titre d’exemple, nous citons :

• Les recherches et études, ou Original studies : elles regroupent les recherches en laboratoire (Basic/Fundamental research) et les recherches cliniques (Clinical research). Les recherches en laboratoires sont très variées et abordent toutes les disciplines fondamentales (physiologie, biochimie, génétique, immunologie, bio-informatique, etc.).

Les recherches cliniques quant à elles peuvent être de plusieurs types : essais cliniques (Clinical Trials), études observationnelles (Observational study), Cas cliniques (Case reports) etc.

• Les synthèses : elles peuvent se présenter sous la forme d’une présentation d’un sujet donné (par exemple une pathologie, un phénomène physiologique, un composé organique, etc.) en exposant un aperçu général (épidémiologie, physiopathologie, présentation clinique, conduite à tenir, etc.) ; ce type d’article est dénommé Narrative Review. Ils constituent sans doute le type d’article le plus intéressant pour un étudiant en médecine. D’ailleurs, dans la rubrique scientifique de notre modeste magazine, nous essayons de proposer des articles qui font partie de cette catégorie.

Il existe un autre type de synthèse qui consiste à combiner les données de différentes études afin d’en extraire une interprétation globale. Ce sont les méta-analyses (Meta-analysis with Systematic Review). Ces dernières sont d’un intérêt majeur en médecine puisqu’elles potentialisent la puissance des études et confèrent un plus haut niveau de preuve par rapport aux études individuelles.

• Les recommandations des sociétés savantes : les étudiants en cycle clinique le savent bien, beaucoup de conduites à tenir et de protocoles thérapeutiques sont standardisés par des recommandations émises par différentes sociétés savantes à l’échelle nationale et internationale. Bien que parfois publiées séparément, beaucoup de ces recommandations sont publiées dans les journaux scientifiques.

• Autres : différents types d’articles peuvent être retrouvés dans les revues scientifiques tels que les lettres écrites entre auteurs, les brèves, les news, les questions d’actualité…

Nous comprenons que cela puisse être effrayant de découvrir un monde nouveau et infiniment complexe… d’ailleurs tant qu’on y est voici un chiffre à vous donner des lipothymies : en moyenne 2000 nouveaux articles sont publiés par JOUR dans la littérature médicale. Cela vous donne un aperçu de la quantité phénoménale de données qui existe et qu’il faut savoir manier.

Pour compliquer encore plus la chose, il s’avère que l’accès à la majorité des articles est payant ! Du moins, pour les plus récents, car il est possible d’accéder à certains articles gratuitement quelques mois ou années après leur publication. Il faut savoir qu’il existe des moyens… disons parallèles, de se procurer les articles gratuitement. Ces derniers ne seront pas mentionnés dans ces lignes pour des raisons évidentes !

Vous vous demandez surement quelle est la conduite à tenir devant cette masse colossale qui semble, et à juste titre, alambiquée et difficilement saisissable. Pour rester réalistes, il est tout à fait inenvisageable de parcourir l’ensemble de la littérature dans tous les sujets. D’ailleurs cela n’est en réalité pas du tout nécessaire !

À notre humble avis, l’effort minimum requis pour un acteur de la santé efficace et consciencieux se concentre en deux points essentiels :

• Se doter d’une vue d’ensemble sur la littérature en étant au courant des dernières recherches, avancées et dilemmes ; ceci doit être un quotidien ;

• Maitriser parfaitement l’outil de recherche bibliographique pour obtenir des informations fiables sur n’importe quel sujet. Ceci s’applique particulièrement lorsque l’on s’intéresse à une question spécifique, nécessitant essentiellement le recours aux bases de données.

Comment avoir une vue générale sur la littérature scientifique ?

Être au fait des avancées de la littérature médicale détermine la culture générale du praticien et sa capacité à comprendre des sujets qui, même s’ils ne sont pas en lien direct avec sa spécialisation, sont susceptibles de l’influencer. Il s’agit aussi et surtout d’une tentative désespérée de s’extirper de la spirale faisant de nous de vagues êtres partiellement cérébrés, parfaits automates rédacteurs d’ordonnance, et pratiquants invétérés du dogme « si-ça-n’est-pas-dans-la-série-verte-ma-neqrahach ».

Pour avoir une vue d’ensemble sur la littérature scientifique, il faut avant tout lire les journaux les plus influents car c’est dans ceux-là que les études les plus sérieuses ainsi que la majorité des recommandations sont publiées. Cette méthode semble la plus pragmatique, bien qu’il ne faille pas la prendre de manière dogmatique et se limiter à la lecture de ces seuls journaux. À force de s’habituer à lire, on peut déterminer par nous-mêmes quels contenus nous intéressent le plus et ainsi adapter nos lectures.

La question fondamentale est alors : comment déterminer les journaux qui valent la peine d’être lus ?

L’un des principaux indices numériques permettant d’évaluer un journal est l’Impact Factor. Il est calculé en se basant sur diverses informations telles que le nombre de citations du journal, la distribution du journal, etc.

En 2020, la palme d’or revenait au CA-A Cancer Journal for Clinicians avec un Impact Factor de 332. Parmi les journaux médicaux « généraux », le New England Journal of Medicine l’emporte avec un Impact Factor de 89. Le reste des grands journaux suit : Nature Reviews Molecular Cell Biology (IF = 80), The Lancet (IF = 77), JAMA (IF = 60), Science (IF = 51), etc.

Néanmoins, cet indice est à manier avec précaution car bien que l’IF diffère grandement entre ces journaux, ils sont tous considérés comme des cadors. Aussi, pour les sciences autres que biomédicales, les IF sont souvent plus petits (ne dépassant guère 10 pour les meilleurs d’entre eux) car le lectorat est plus restreint. Cela ne vaut aucunement dire que ces journaux sont moins bons, loin de là.

D’autres méthodes existent pour évaluer un journal. Par exemple, si vous êtes en présence d’un journal qui porte le nom d’une société savante nationale ou internationale, il a de très fortes chances d’être sérieux. Par exemple le Journal of the American College of Cardiology (JACC) ou le Journal of the Royal Society of Medicine sont des revues prestigieuses et bien que leur IF ne soit pas très impressionnant.

Enfin, si d’aventure ce processus vous semble un tantinet complexe, vous pourrez trouver sur internet des classements des journaux les plus intéressants, répertoriés par spécialité. Le plus utilisé est le suivant :

Au final, il vous suffira de feuilleter régulièrement les 2 ou 3 journaux les plus côtés d’une spécialité pour avoir une vue d’ensemble bien dégagée.

Une dernière astuce est de souscrire aux Newsletters et E-mails alerts pour recevoir une notification à chaque fois que de nouveaux articles sont publiés. Cela est d’autant plus intéressant que les éditeurs ont l’habitude de faire des sélections hebdomadaires ou mensuelles des articles les plus intéressants et des résumés des dernières avancées sur divers sujets.

Comment maîtriser l’outil de recherche bibliographique ?

Il n’y a pas si longtemps, la notion de recherche bibliographique rimait avec une longue hibernation dans les bibliothèques, précipitant sa cécité à force de parcourir les titres des revues et procurant à l’esprit l’extase de sniffer l’odeur des anciens livres… ça avait du charme quand même !

Cette époque est révolue, et pour cause, le nombre astronomique de publications existant aujourd’hui est entièrement informatisé et répertorié dans des bases de données.

Pouvoir accéder à l’ensemble de la littérature en un seul clic est un atout indiscutable ; néanmoins, si dans le passé on ne pouvait se payer le luxe de choisir et sélectionner ses références tant elles étaient moindres, aujourd’hui toute la difficulté réside dans le fait de bien choisir les documents à partir desquels travailler.

Ainsi, il est proposé à votre attention un aperçu de l’utilisation de la principale base de données en médecine : PubMed, ainsi que de nouvelles bases de données moins utilisées en Algérie bien que très intéressantes.

PubMed :

PubMed est la plus grande base de données de littérature médicale au monde. Elle a été créée et financée par le National Institute of Health aux USA (celui-là même dont notre Zerhouni national était le Directeur). Elle rassemble des millions d’articles en provenance de journaux du monde entier et englobe la quasi-totalité des publications remontant à plus d’un siècle. Même si en réalité, et dans le cadre de travaux poussés, d’autres bases de données sont nécessaires (Embase, Cochrane, etc.), il est licite de considérer qu’une recherche sur PubMed comme exhaustive.

Nous ne nous aventurerons pas à exposer un mode d’emploi de l’utilisation de PubMed, car des vidéos explicatives, bien plus pratiques, sont disponibles un peu partout sur internet. Nous vous invitons vivement à découvrir la base de données par vous-mêmes et vous familiariser avec son utilisation.

Nouvelles bases de données :

Pour comprendre l’utilité de ces nouveaux instruments, il faut comprendre une chose fondamentale : la médecine est actuellement basée sur le dogme de l’Evidence-based, ce qui signifie « médecine basée sur la preuve », et qui est dérivé de principes philosophiques empiriques majoritairement anglo-saxons.

Pour faire simple, toute hypothèse ou théorie doit être validée par des études expérimentales cliniques, après application sur une population réelle ; et suivant le résultat des études on considérera que l’on a ou non une « preuve » (Evidence) que notre hypothèse est correcte. De plus, un « niveau de preuve » est attribué à l’étude, et qui renseigne sur le niveau de confiance qu’on peut accorder aux résultats.

En conséquence, lorsqu’on étudie une quelconque problématique en médecine, l’élément fondamental à considérer est le niveau de preuve que l’on a sur la question.

Il semble nécessaire de souligner avec insistance qu’il est impératif pour tout médecin de pouvoir déterminer par lui-même si le niveau de preuve des études est suffisant pour prendre telle ou telle décision ou en faveur d’une théorie par rapport à une autre. Cette démarche n’est cependant pas aisée et une investigation plus approfondie sur le sujet est nécessaire, nous tacherons d’en reparler dans des textes ultérieurs.

Pour l’heure, et au niveau des étudiants que nous sommes, tout ce qui nous est incombé est de connaître le stade actuel des connaissances (Currently best evidence) à travers les avis de nos ainés et des spécialistes du sujet. En d’autres termes, à défaut de pouvoir interpréter nous-mêmes toutes les études, on doit au moins savoir lire les avis des experts et leurs recommandations.

À cet effet, il existe des bases de données spéciales qui se chargent de sélectionner les études les plus pertinentes tout en interprétant leur contenu (figure 1) !

Comme mentionné plus haut, l’élément essentiel dans la recherche est le niveau de preuve que l’on a sur un problème donné. La hiérarchisation des niveaux de preuve est une question qui a été longuement étudiée et qui a abouti à une classification standardisée. Par exemple, il est admis que les essais cliniques sont plus fiables que les études observationnelles, qui sont à leur tour plus fiables que les séries de cas isolés, etc. Une pyramide de l’Evidence a ainsi été tracée (figure 2). Encore une fois, ces concepts méritent d’être longuement discutés mais pour l’heure nous nous contentons de ce petit détour.

Venons-en au plus intéressant : il existe une autre pyramide qui semble autrement plus pertinente car basée sur l’interprétation que l’on fait des études (figure 3). Tout en bas de la pyramide on retrouve les études « brutes » qu’on peut lire PubMed et dont les résultats n’ont pas été évalués par des spécialistes, elles sont appelées Non-preappraised studies.

Au-dessus dans la pyramide, on retrouve les Preappraised studies, représentées essentiellement par les Meta-analyses and Systematic Reviews, qui sont plus fiables. Leur utilisation nécessite toutefois de connaître quelques détails techniques. Plusieurs bases de données permettent d’accéder facilement à ces études, nous citons : ACP Journal Club, McMaster PLUS, Cochrane, Evidence Updates. Il est toujours bon de s’habituer à lire les méta-analyses et nous conseillons vivement de souscrire aux newsletters de ces bases de données.

Enfin, au sommet de la pyramide, on retrouve les Appraised studies, c’est-à-dire les études auxquelles une interprétation et un sens ont été donnés par des experts, le saint Graal !

Parmi celles-ci, les recommandations des sociétés savantes constituent le summum. À côté de cela, il existe principalement 3 bases de données qui rassemblent les Appraised studies : UpToDate, Dynamed et BMJ Best Practice. Ce sont de véritables mines d’or qui traitent de tous les aspects d’une question donnée (physiopathologie, épidémiologie, traitement…) et dont les articles sont constamment mis à jour.

Évidemment l’accès y est payant, et évidemment il existe des moyens peu recommandables pour y accéder gratuitement, que nous n’allons pas énumérer ici… évidemment.

Nous savons que vous avez des auras migraineuses à lecture de ces informations et cette multitude d’outils ; mais si vous nous permettez de terminer en beauté, il existe une base de données (c’est la dernière, promis !) qui rassemble TOUS LES OUTILS SUS-CITÉS, et permet d’y accéder simultanément en un seul clique ! Il s’agit de ACESSSS, mise en place par l’Université de McMaster, pionniers de l’Evidence-Based Medicine.

En cherchant un mot clé, le logiciel se met à parcourir l’ensemble des autres bases de données simultanément pour en tirer les meilleures informations et les classer directement par ordre de qualité. Que demander de plus ? À vos claviers !